La Isla Magdalena es un área silvestre declarada Parque Nacional y designada Monumento Natural desde el año 1982. Su objetivo es proteger la avifauna del lugar, encontrándose allí una de las mayores pingüineras de Chile, cuya población se ha estimado en 60.000 parejas de pingüinos. La temporada de viajes a esta hermosa isla comienza desde Noviembre hasta la primera quincena Marzo. Los viajes son realizados desde el terminal de Tres Puentes en Punta Arenas.

El ecosistema que conforman las dos islas hace obligatoria la visita de ambas, mientras que la Isla Marta alberga más de 1.000 lobos de mar, cormoranes, skúas, gaviotines australes, palomín antártico. La Isla Magdalena permite interactuar con una de las mayores colonias de Pingüinos Magallánicos, superando las 150.000 aves.